本系成立於民國七十九年，為義守大學(原高雄工學院)創校重點科系之一，於86年增設二年制在職技術專班90年停招，91年成立進修學士班、94年成立碩士班、95年成立在職進修碩士班。為配合國家發展目標，順應產業需求，本系原名為機械工程學系自92學年度起更名為機械與自動化工程學系。目前每年招收研究所碩士班，大學部及進修部學士班。師資方面總計14人，專任教授博士6人、專任副教授博士7人、講師碩士1人。現任系主任為劉芳寶教授。
教學與研究特色
機械為工業之母，本機械與自動化工程學系著重機械學理的教學與實驗，輔以實務課程，並強調電腦應用技術、自動控制與系統整合。機械系以培育機械、機電、創新設計為宗旨，訓練理論與實務並重之智慧機械人才為目的。課程涵蓋綠能新動力、電動車、無人機開發、3D列印科技及工業4.0等智慧機械領域。本系畢業後出路極佳，是你就業與深造的最佳選擇。本系著重機械理論的教學與實驗，輔以實務課程，並強調電腦應用技術、自動控制與系統整合。使本系學生能結合機械、機電、設計、控制技術及相關領域，成為優秀機電人才。本系目前訂定「創新設計」、「精密製造技術」、「機電整合系統」、「自動控制技術」、「綠色能源技術開發」及「先進材料技術」六項教學重點。以機密製造技術、電腦應用技術、先進控制技術、機電整合系統、能源技術開發及高級材料等六項為本系發展重點。
研究成果
本系通過IEET工程教育認證」及「高教中心系所評鑑」。本系曾執行教育部、職訓局、經濟部之各項人才培育計畫。此外本系所師生參與多項國內外研究與產學實習計畫，合作對象包括科技部、中科院、工研院、金屬研究發展中心、台積電、聯電、中鋼、燁聯、燁輝、日月光、國巨等知名研究團隊與廠商。
未來發展策略 CDIO
機械為工業之母，是整體經濟發展不可或缺的產業，現今的精密機械產業已不是「黑手」產業，而是「黃金」產業、基礎產業。放眼全世界，機械領域並不沒落，也是先進國家科技發展的重點。換言之，高科技的研發，機械不可或缺。我國的高科技產業若要技術升級，絕對需要機械的人才，機械的出路其實無限寬廣。
未來發展策略 智慧設計與製造中心
智慧設計與製造中心是基本物聯網(IOT)架構，也是引導學生走入工業4.0的教學平台，除可健全實作教學與創新特色教學，並讓相關科系有教學、研發、管理等製造平台的彈性應用。工廠主要分兩區，彈性智慧製造中心與大型 CNC工具機。